巴勒斯坦法律制度具有结构性缺陷。除自治当局颁布的法律外,还包括在约旦河西岸起作用的约旦法律、在加沙地带起作用的埃及法律、以色列军事法令、英国委任统治时期法令、伊斯兰教法、习惯法等,甚至还有部分奥斯曼帝国法律。这些法律分别受到大陆法系、普通法系及伊斯兰教法等不同传统的影响,许多内容相互冲突,落后于时代,成为巴勒斯坦发展的制约因素。自治政府采取了相应措施,应对由此带来的挑战,但法制建设总体进展缓慢。巴以和谈屡次受挫、巴勒斯坦最终地位问题迟迟得不到解决,自治政府无法获得完全立法和司法权是外部原因;行政权力对立法和司法的过度干涉则是内部原因。